До складу Інституту входять

наукові відділи:

• генетичного поліпшення рослин (завідувач – академік НАН України, д.б.н., проф. МОРГУН Володимир Васильович);
• симбіотичної азотфіксації (завідувач – член-кореспондент НАН України, д.б.н., проф. КОЦЬ Сергій Ярославович);
• генетичної інженерії (завідувач – к.б.н. МИХАЛЬСЬКА Світлана Іванівна);
• фізіології дії гербіцидів (завідувач – д.б.н. МОРДЕРЕР Євген Юлійович);
• фізіології живлення рослин (завідувач – член-кореспондент НАН України, д.б.н., проф. ШВАРТАУ Віктор Валентинович);
• фізіології та екології фотосинтезу (завідувач –  член-кореспондент НАН України, д.б.н. СТАСИК Олег Остапович);

лабораторії у складі відділу генетичного поліпшення рослин:

• якості зерна (завідувач – к.б.н. САНДЕЦЬКА Надія Василівна);
• оригінального насінництва (завідувач – академік НААН України, д.с.-г.н., проф.  ГАВРИЛЮК Микола Микитович)

та

• відділ науково-технічної інформації і маркетингу (завідувач – ВАКУЛЕНКО Володимир Васильович)