Вчена рада Інституту, відповідно до його Статуту, є колегіальним дорадчим органом управління науковою і науково-технічною діяльністю установи. За посадою головою вченої ради є директор Інституту, заступником голови – заступник директора з наукової роботи, секретарем – учений секретар. До складу вченої ради входять всі члени НАН України (академіки та члени-кореспонденти), які працюють в Інституті, голова ради молодих вчених Інституту та представник профспілкової організації.
Вчена рада приймає рішення стосовно визначення стратегії розвитку Інституту та перспективних напрямів його наукової і науково-технічної діяльності, виробляє рекомендації у межах своєї компетенції, яку визначає Статут Інституту, та представляє їх на розгляд і затвердження Відділенню Загальної біології НАН України та Президії НАН України.
Вчена рада розглядає питання, пов’язані з удосконаленням структури Інституту; координації та наукового співробітництва з іншими організаціями і установами; міжнародного наукового співробітництва; проведення нарад й конференцій; науково-видавничої діяльності; висування видатних наукових праць, наукових відкриттів та винаходів на присудження премій, медалей та інших видів відзнак, у тому числі міжнародних; висунення та обговорення кандидатур на посаду директора Інституту; обрання наукових працівників за конкурсом; ініціювання клопотань про присвоєння працівникам Інституту вчених звань професора та старшого дослідника і подання відповідних рішень на затвердження до центрального органу виконавчої влади, що забезпечує формування та реалізує державну політику у сфері наукової і науково-технічної діяльності; висування кандидатів у дійсні члени (академіки) і члени-кореспонденти Національної академії наук України.
Вчена рада проводить наукову та науково-технічну оцінку тематики та результатів науково-дослідних робіт, що виконуються в Інституті, аналізує стан їх реалізації, матеріально-технічного та фінансового забезпечення, а також підготовки наукових кадрів; обговорює провідні наукові проблеми, доповіді,
досягнення, дає їм оцінку і визначає перспективи їх розвитку; ухвалює програми, проєкти науково-дослідних робіт; розглядає кошторис Інституту.
Затверджує: тематичні та річні робочі плани науково-дослідних робіт; результати атестації наукових працівників, аспірантів, докторантів, здобувачів; теми дисертацій здобувачів та аспірантів на третьому (освітньо-науковому) та докторантам на науковому рівнях вищої освіти, їх наукових керівників (консультантів); результатів конкурсу на вакантні посади наукових працівників; звіти про виконання наукових досліджень; річний звіт про наукову роботу Інституту;
Рекомендує: кандидатури на призначення (затвердження) заступників директора з наукової роботи, вченого секретаря Інституту, завідувачів відділами та лабораторіями, головних та провідних наукових співробітників, головних редакторів та членів редколегій наукових видань Інституту; наукові праці (монографії) співробітників Інституту до опублікування.
Структура та персональний склад вченої ради обирається згідно статуту Інституту та затверджується на засіданні Бюро Відділення загальної біології НАН України. Часткові зміни у складі вченої ради Інституту затверджуються Бюро ВЗБ НАН України за поданням директора Інституту.
Список членів ради станом на 31.12.2024 р. зі змінами, затвердженими Постановою Бюро Відділення загальної біології НАН України (протокол БВЗБ № 7 від 29.08.2024 р.):
1. МОРГУН Володимир Васильович, д.б.н., проф., академік НАН України – голова вченої ради.
2. КОЦЬ Сергій Ярославович, д.б.н., проф. чл.-кор. НАН України – заступник голови вченої ради.
3. ШВАРТАУ Віктор Валентинович, д.б.н., проф., академік НАН України.
4. ЯКИМЧУК Руслан Андрійович, д.б.н., проф., чл.-кор. НАН України.
5. МОРГУН Богдан Володимирович, д.б.н., чл.-кор. НАН України.
6. РИБАЛКА Олександр Ілліч, д.б.н., чл.-кор. НАН України.
7. СТАСИК Олег Остапович, д.б.н., чл.-кор. НАН України.
8. КІРІЗІЙ Дмитро Анатолійович, д.б.н., проф.
9. ДУБРОВНА Оксана Василівна, д.б.н., с.н.с.
10. МОРДЕРЕР Євген Юлійович, д.б.н., с.н.с.
11. ПРЯДКІНА Галина Олексіївна, д.б.н., с.н.с. – секретар вченої ради.
12. МИХАЛКІВ Людмила Миронівна, к.б.н., с.н.с.
13. МИХАЛЬСЬКА Світлана Іванівна, к.б.н.
14. КУЛЕШ Світлана Сергіївна, к.б.н.
15. КОНОВАЛОВ Давид Віталійович к.с.-.г.н.
16. ОРЕХІВСЬКИЙ Володимир Данилович, к.т.н., ст. досл.
17. ВАКУЛЕНКО Володимир Васильович.
Список членів вченої ради Інституту станом на 01.07.2025 р. зі змінами, затвердженими Постановою Бюро Відділення загальної біології НАН України (протокол БВЗБ № 4 від 17.06.2025 р.):
1. МОРГУН Володимир Васильович, д.б.н., проф., академік НАН України – голова вченої ради.
2. КОЦЬ Сергій Ярославович, д.б.н., проф. чл.-кор. НАН України – заступник голови вченої ради.
3. ПРЯДКІНА Галина Олексіївна, д.б.н., с.н.с. – секретар вченої ради.
4. ШВАРТАУ Віктор Валентинович, д.б.н., проф., академік НАН України.
5. ЯКИМЧУК Руслан Андрійович, д.б.н., проф., чл.-кор. НАН України.
6. МОРГУН Богдан Володимирович, д.б.н., чл.-кор. НАН України.
7. РИБАЛКА Олександр Ілліч, д.б.н., чл.-кор. НАН України.
8. СТАСИК Олег Остапович, д.б.н., чл.-кор. НАН України.
9. КІРІЗІЙ Дмитро Анатолійович, д.б.н., проф.
10. ДУБРОВНА Оксана Василівна, д.б.н., с.н.с.
11. МОРДЕРЕР Євген Юлійович, д.б.н., с.н.с.
12. ШЕВЧЕНКО Віктор Валентинович, д.б.н.
13. МИХАЛКІВ Людмила Миронівна, к.б.н., с.н.с.
14. МИХАЛЬСЬКА Світлана Іванівна, к.б.н.
15. ТАРАСЮК Максим Віталійович, доктор філософії.
16. КОНОВАЛОВ Давид Віталійович к.с.-.г.н.
17. ВАКУЛЕНКО Володимир Васильович.